中正紀念堂管理處設置處長1人、副處長1人、研究員2人。本處下設6組2室，各單位職掌如下：
綜合規劃組
一、處務創新發展計畫之研訂。
二、中長程計畫、先期作業與重要會議決議事項之追蹤、管制、考核及評估。
三、綜合性法規之研擬、訂修與資料之蒐集、彙整建置、出版及推動。
四、跨組室綜合業務之協調、研擬及彙辦。
五、安全維護、工友及駐警隊之管理。
六、文書、檔案、印信、出納、庶務、採購、財產管理。
七、不屬其他各組、室事項。
文化資源組
一、古蹟管理及維護。
二、文化創意產品之營運管理及行銷推廣。
三、本處公園景觀之整體規劃設計、植栽之管理維護。
四、本處場地租借申請及管理。
五、其他有關文化資源事項。
研究典藏組
一、蔣中正總統紀念文物、史蹟之蒐集、研究、獎助、出版及文化交流。
二、品牌形象之管理、開發及授權。
三、典藏制度之建立。
四、典藏設施、典藏品之維護管理。
五、藝文作品之蒐集、研究及出版。
六、其他有關研究典藏事項。
展覽企劃組
一、蔣中正總統史蹟、紀念文物之展覽規劃及執行。
二、藝文展覽、導覽之規劃及執行。
三、展場設施之規劃及維護管理。
四、展覽圖錄、年鑑之發行出版。
五、館際展覽交流及合作。
六、志願服務人力資源之運用及發展。
七、其他有關展覽企劃事項。
推廣教育組
一、媒體、公關及形象整合行銷。
二、外賓接待及公共服務。
三、文化、藝術活動之規劃及推廣。
四、終身學習活動之規劃及執行。
五、支援學校校外教學及多元教育活動。
六、其他有關推廣教育事項。
工務機電組
一、營繕工程之規劃、設計及履約管理。
二、園區迴廊建物設施之維護及管理。
三、機電、消防、空調、給水、電信、視聽等設備之規劃、維護及管理。
四、數位服務及維護管理。
五、節能措施、水電負載之管制、規劃及執行。
六、其他有關工務機電事項。
人事室
掌理本處人事事項。
主計室
掌理本處歲計、會計及統計事項。