內戰

國共內戰後期，國軍在遼瀋、徐蚌、平津三大戰役敗北後，戰力與士氣瀕臨崩潰。民國38年（1949年）初，在內外交相施壓的困境中，蔣中正經多日長考，於1月21日毅然引退，由副總統李宗仁代行總統職權，並與中共和談。此為蔣中正軍政生涯中第三次下野，隨即轉返浙江奉化故鄉。然而，蔣中正對國共和談不抱持任何幻想，因此下野前夕即對未來局勢預作全盤佈置，計劃「另起爐灶，重定革命基礎」，尤將重點置於經營臺灣，作為反共基地。

首先指示中央銀行總裁俞鴻鈞將庫存金銀由上海移出，轉移至臺北、廈門等地存放；其次，進行黨政首長人事調整，如任命陳誠為臺灣省政府主席、蔣經國為中國國民黨臺灣省黨部主任委員、傅斯年接掌國立臺灣大學等，其中以陳誠出掌臺灣省政（後又兼臺灣省警備總司令）最具重要意義。蔣催促陳就任之電文云：「如何不速就職，若再延滯，則夜長夢多，全盤計劃，完全破壞也」，足見蔣中正對於安排陳誠主臺的急切與重視。陳誠於民國38年1月5日接掌臺灣省政府，當日即致電傅斯年「弟已於今日先行接事，介公深意及先生等善意，恐仍須有識者之共同努力，方能有濟。弟一時不能離臺，希先生速駕來臺，共負巨艱」。臺灣大學為日治時期臺灣最高學府（臺北帝國大學），傅斯年夫人後來回憶道「正在那幾天裡，蔣總統命孟真（傅斯年字）前往臺灣，接掌臺灣大學。孟真本早有決心，以身殉國，但念及設能藉此機會，接出困在北平的學人，同去臺灣，群策群力，整頓臺灣大學，豈不可遂書生報國之志？便決心就臺大校長的職務」，為國家科學、教育與學術留下生機。有人認為在此空前危局中，陳誠與傅斯年係蔣為確保臺灣復興基地所打出的兩張王牌。

民國37年（1948年）前線戰況緊急時，時任行政院長兼故宮博物院理事會理事的翁文灝邀故宮博物院、中央博物院籌備處兩院在南京密商保護故宮古物安全問題。蔣中正立即指示將故宮、中央博物院兩院珍貴文物，連同中央研究院史語所善本書籍全部裝箱運往臺灣，並派軍艦協助運輸，以保全中華文化精粹，當中即包含舉世聞名的殷墟考古發掘及明清內閣大庫檔案等重要史料。

蔣中正下野返鄉休養期間以國民黨總裁身分指揮應付危局，陳誠不僅與蔣保持緊密聯繫，還經常致電蔣中正請示軍政方針並報告臺灣現況。陳主臺一年間，具體政績包括兩次召集全省行政會議、實施入境管制、糧食增產與整頓公營事業、實行三七五減租、改革幣制、推行計劃教育，並準備實施臺省地方自治等。面對大陸百餘萬軍民先後渡海來臺，陳推動的許多措施有效地穩住混亂局勢。

民國39年（1950年）3月1日蔣中正在臺北「復行視事」，宣布繼續行使中華民國總統職權，但全世界觀察家都質疑蔣及其所領導的軍民能否保住臺灣及沿海殘存島嶼。所幸憑恃臺灣海峽天險，及相對優勢的海空軍力量，暫時得維持偏安的局面，不過面對亟欲「解放臺灣」的共軍，蔣如何於危急存亡關頭重整軍備、生聚教訓，以求站穩腳步再圖恢復，實乃嚴酷之考驗。